Sprawa Funduszu Kościelnego jest obecnie często podnoszona w debacie publicznej. Ważne materiały pogłębiające wiedzę w tej kwestii znajdują się w zasobie Archiwum Akt Nowych. Na ich podstawie Michał Zawiślak z Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego obronił pracę doktorską.
Fundusz Kościelny powstał na mocy artykułu 8 ustawy z 20 marca 1950 roku o przejęciu przez państwo dóbr martwej ręki, poręczeniu proboszczom posiadania gospodarstw rolnych i utworzeniu Funduszu Kościelnego. Po powołaniu do życia Urzędu ds. Wyznań Fundusz znajdował się w jego strukturze jako samodzielny referat do 1989 roku. Według statusu Fundusz miał się zajmować udzielaniem pomocy materialnej i lekarskiej osobom duchownym, wspierać konserwację i odbudowę miejsc kultu religijnego, w uzasadnionych wypadkach obejmować duchownych ubezpieczeniem chorobowym, dotowaniem związków wyznaniowych i zapewniać opiekę emerytalną duchowych. W zespole Urzędu ds. Wyznań znajdującym się w zasobie AAN są materiały archiwalne dotyczące Funduszu, które wnoszą dużo wiedzy w debacie publicznej na ten temat. Zgodnie z treścią dokumentów zdecydowana większość pieniędzy (około dwóch trzecich) była wydawana nie zgodnie z celami statusowymi. Wydawano je na walkę z Kościołem. Finansowano działalność księży współpracujących z władzą tzw. "księży patriotów", finansowano wydawanie książek i broszur o tematyce antykościelnej, prasę szkalującą Kościół, honoraria dla naukowców wspierających ideowość państwa socjalistycznego, informacje przedstawiające w złym świetle hierarchów oraz Związek Nauczycielstwa Polskiego. Wśród dokumentów są m.in. rachunki, gdzie jest wykazane ile pieniędzy szło na konkretne cele i kto je odbierał. Zaś zdecydowanie mniej szło na właściwe cele Funduszu. Na podstawie tych dokumentów, po wykonaniu kwerendy naukowej w AAN, dr Michał Zawiślak obronił pracę doktorską, na temat funkcjonowania Funduszu w latach 1950 - 1989. Więcej na ten temat znajduje się a artykule Ewy K. Czaczkowskiej opublikowanym w Rzeczpospolitej 26.10.2011 roku: Link do artykułu